Fusione con un ETS: niente IVA e imposte fisse, cosa chiarisce il Fisco

L’incorporazione di una società semplice in una fondazione del Terzo settore può beneficiare di un trattamento fiscale particolarmente favorevole: nessuna rilevanza reddituale delle eventuali plusvalenze in determinate condizioni, operazione fuori dal campo IVA e imposte di registro, ipotecaria e catastale in misura fissa. È quanto emerge dalla risposta a interpello n. 171 dell'11 settembre 2026 dell’Agenzia delle Entrate, dedicata al trattamento fiscale, ai fini delle imposte dirette e indirette, della fusione per incorporazione di una società semplice in una fondazione iscritta al RUNTS. Il caso: la società semplice viene incorporata nella fondazione ETS La vicenda riguarda una fondazione senza scopo di lucro, iscritta al Registro unico nazionale del Terzo settore, che deteneva la maggioranza del capitale di una società agricola semplice. La società semplice era proprietaria di una tenuta agricola e di diversi immobili, ma aveva progressivamente concesso in affitto l’intera azienda agricola a un’altra società. Dopo l’estensione del contratto di affitto anche al ramo aziendale residuo, la società semplice aveva quindi cessato di fatto qualsiasi attività d’impresa e agricola, arrivando anche a escludere i canoni percepiti dal campo di applicazione dell’IVA. Successivamente è stata realizzata la fusione per incorporazione nella fondazione, che al momento dell’operazione era diventata socio unico della società semplice. Tutti i beni sono così confluiti nel patrimonio della fondazione, destinati alla sua attività istituzionale non commerciale. Da qui i tre dubbi sottoposti all’Agenzia: tassazione delle eventuali plusvalenze, applicazione dell’IVA e misura delle imposte di registro, ipotecaria e catastale. Plusvalenze: quando la fusione non fa scattare la tassazione Il primo chiarimento riguarda le imposte sui redditi. In generale, l’articolo 172 del TUIR stabilisce che la fusione tra società non costituisce realizzo o distribuzione delle plusvalenze e minusvalenze dei beni delle società incorporate. L’Agenzia ricorda però che il principio di neutralità fiscale delle fusioni è costruito principalmente con riferimento ai soggetti che producono reddito d’impresa. Nel caso di una società semplice, occorre quindi verificare dove finiscono fiscalmente i beni dopo la fusione. Se beni che non appartengono a un’impresa commerciale confluiscono nell’attività commerciale dell’ente incorporante, può infatti verificarsi un fenomeno realizzativo: i beni vengono considerati al valore normale e possono emergere plusvalenze imponibili ai sensi degli articoli 67 e 68 del TUIR. Diversa è invece la situazione quando i beni continuano a essere utilizzati nell’ambito dell’attività non commerciale. Ed è proprio questo il passaggio più importante della risposta. L’Agenzia ritiene che, se dopo la fusione i beni dell’azienda agricola continuano a farne parte e vengono effettivamente utilizzati per l’attività agricola, anche indirettamente attraverso l’affittuario, le eventuali plusvalenze derivanti dal loro trasferimento alla fondazione non assumono rilevanza reddituale ai sensi dell’articolo 67 del TUIR. I beni mantengono inoltre, in capo alla fondazione incorporante, lo stesso costo fiscalmente riconosciuto che avevano presso la società semplice. IVA: la fusione resta fuori dal campo dell’imposta Altro chiarimento rilevante riguarda l’IVA. Normalmente il decreto IVA contiene una specifica esclusione per i passaggi di beni derivanti da fusioni, scissioni e trasformazioni. Nel caso esaminato, tuttavia, l’Agenzia arriva all’esclusione dall’IVA per una ragione ancora più a monte. La società semplice aveva infatti concesso interamente in affitto l’azienda agricola e non esercitava più alcuna attività agricola al momento della fusione. Viene quindi meno il presupposto soggettivo dell’imposta. La conclusione dell’Agenzia è netta: la fusione è fuori dal campo di applicazione dell’IVA per carenza del presupposto soggettivo in capo alla società semplice. Un passaggio importante, perché il trattamento dipende concretamente dalla situazione esistente al momento dell’operazione e dall’effettiva cessazione dell’attività agricola da parte della società incorporata. Registro, ipotecaria e catastale: si paga in misura fissa Resta infine il problema delle imposte indirette. Poiché l’operazione è fuori campo IVA, trova applicazione l’imposta di registro secondo il principio di alternatività IVA-registro. Ma per gli Enti del Terzo settore interviene l’agevolazione prevista dall’articolo 82, comma 3, del Codice del Terzo settore. La norma stabilisce che per gli atti costitutivi e le modifiche statutarie degli ETS, comprese fusioni, scissioni e trasformazioni, le imposte di registro, ipotecaria e catastale sono applicate in misura fissa. L’Agenzia conferma l’applicazione dell’agevolazione anche nel caso esaminato. Determinante è il fatto che la fusione sia posta in essere anche da un Ente del Terzo settore e che, dopo l’operazione, la fondazione incorporante continui a mantenere la qualifica di ETS iscritto al RUNTS. Di conseguenza, imposta di registro, imposta ipotecaria e imposta catastale sono dovute in misura fissa. Fusione società semplice-ETS: il vantaggio fiscale non è automatico La risposta n. 171/2026 offre quindi indicazioni importanti per le operazioni di riorganizzazione patrimoniale che coinvolgono gli enti del Terzo settore. Nel caso esaminato il risultato fiscale è particolarmente favorevole: nessuna rilevanza reddituale delle eventuali plusvalenze sui beni agricoli alle condizioni indicate dall’Agenzia, niente IVA e imposte di registro, ipotecaria e catastale in misura fissa. Ma non si tratta di un’esenzione generalizzata. Per le imposte dirette è fondamentale verificare la destinazione dei beni dopo la fusione; per l’IVA assume rilievo l’effettivo svolgimento o meno dell’attività agricola da parte della società semplice; mentre per l’applicazione delle imposte indirette in misura fissa occorre rispettare i requisiti previsti dal Codice del Terzo settore. La stessa Agenzia precisa infatti che il parere è reso sulla base dei fatti e dei documenti rappresentati nell’interpello, fermo restando il potere di controllo dell’Amministrazione finanziaria.